Toutefois, il reste difficile, suivant la recombinaison aléatoire d'ADN, de cribler les descendants pour en isoler ceux qui présentent au mieux les propriétés souhaitées.
Les résultats obtenus par recombinaison aléatoire indiquent en outre que les séquences mères formant la meilleure combinaison ne sont pas nécessairement celles qui ressemblent le plus étroitement aux séquences descendantes.